학교법인의 법인세 과세제도에 관한 연구

[본 자료는 국민대학교 이한우 법학박사 학위논문 발췌한 것임]

학교법인의 법인세 과세체계는 고유목적사업 소득에 대해서는 비과세하고 수익사업 소득에 대해서만 과세를 하고 있다.

교육 사업을 통해 창출된 소득에 대해서는 이익분배를 하지 않는 조건으로 법인세를 비과세하고 있기 때문에 학교법인이 이익분배를 한다면 법인세를 과세하는 것이 타당할 것이다. 일반 비영리법인은 규모가 영세하고 국고보조금 및 기부금을 제외한 고유목적사업 수입의 규모가 크지 않은 반면에 학교법인은 고유목적사업 수입에 대한 자체 수입비중 및 수입금액이 매우 높다고 할 수 있다.

수익사업 소득에 대해서는 영리법인과의 공정한 경쟁관계를 유지하기 위해 과세를 하고 있다. 일반 비영리법인이 영세한 규모로 수익사업을 영위하고 있고 관련 소득의 대부분을 이자소득이 차지하고 있으나 학교법인은 부속병원 운영, 제조업, 상품매출, 서비스 용역 등 매우 다양한 수익사업을 영위하고 있다.

고유목적사업 수입의 규모가 클수록 합리적인 지출을 가장하여 이익분배를 할 가능성이 높고 다양한 수익사업을 영위할수록 영리법인과의 경쟁관계가 심화된다고 할 수 있으므로 학교법인의 법인세 과세제도와 관련하여 고유목적사업 소득에 대한 사적유용의 과세문제와 수익사업과 관련된 과세문제에 대한 검토가 필요하다.

사적유용 금지는 학교법인의 소득이나 자산의 어떠한 부분도 학교법인의 구성원에게 직접 또는 간접적으로 부당하게 이익을 주면 안 된다는 것이다. 즉, 사적유용 금지는 이익분배금지를 말하는 것으로서 ‘이익분배’라는 용어를 ‘사적유용’으로 대체하여 사용할 수 있다.

수익사업에서 사적유용이 이루진다면 「법인세법 시행령」 제43조에 따른 과다 경비에 대한 손금불산입과 「법인세법」 제52조에 따른 부당행위계산 부인을 적용하여 법인세를 과세할 수 있으나 학교법인의 수익사업에 속하지 않는 거래행위, 즉 고유목적사업에 속하는 거래에 대해서는 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없고 인건비에 대한 규제도 없으므로 법인세를 과세할 수 없는 문제가 발생한다. 이러한 문제를 해결하기 위해서는 학교법인의 수입을 학교법인의 구성원이 사적으로 유용하는 경우에는 법인세를 과세할 수 있는 법적 근거를 만들어야 할 것이다. 인건비 지급을 통한 사적유용에 대해서는 장학법인과 사회복지법인의 인건비를 규제하는 「법인세법 시행령」 제56조 제11항을 개정하여 인건비 규제 대상에 학교법인을 포함하고 시설공사비 지급을 통한 사적유용은 수익사업의 범위에서 제외되는 학교의 교육 서비스업에 시설공사비를 과다하게 지급하는 방법으로 실현된 이익분배액은 포함되지 않도록 「법인세법 시행령」 제2조 제1항 제3호를 개정하여야 할 것이다.

학교법인의 수익사업과 관련한 법인세 과세문제는 세 가지 측면에서 살펴볼 수 있다. 첫째, 학교법인은 수익사업용 재산총액의 3.5% 이상에 해당하는 수익을 창출하여야 하는데 학교법인이 소유한 수익사업용 재산의 대부분은 토지로서 수익률이 매우 낮아 이를 처분하고 수익률이 높은 부동산을 취득하는 과정에서 발생되는 법인세 과세문제를 살펴볼 필요가 있다. 둘째, 학교 내 부서로써 운영되던 산학협력단이 2003년 관련 법률이 제정됨에 따라 별도 법인을 설립하여 운영하고 있으므로 학교와 산학협력단 간의 거래에 대한 과세문제와 산학협력단이 연구 활동을 통해 창출한 연구수익에 대한 과세문제를 검토할 필요가 있다. 셋째, 학교법인의 수익사업 소득은 고유목적사업준비금 설정을 통해 손금산입을 인정받음으로서 법인세가 과세되지 않는 효과가 있다. 이는 가격의 중립성이 왜곡되어 영리법인과의 공정한 경쟁관계를 해치는 문제가 발생 하므로 이를 완화하면서 교육이라는 공익사업이 위축되지 않는 방안을 검토할 필요성이 있다.

학교법인이 수익률이 낮은 수익사업용 토지를 처분하고 수익률이 높은 수익사업용 건물로 대체하여 취득하는 경우에는 토지의 처분이익에 대해「각 사업연도 소득」과 「토지 등 양도소득」에 대한 법인세가 과세된다. 이는 기존 토지를 대체하여 새로 취득하는 부동산에 법인세액 만큼 투자하지 못하는 문제가 발생하므로 수익사업용 부동산을 대체취득 하는 과정에서 발생된 각 사업연도 소득에 대한 법인세는 새로 취득한 부동산의 처분시점에서 과세될 수 있도록 「조세특례법」 제104조의 16을 개정하는 것이 타당하다고 할 수 있다. 또한 수익사업용 토지를 처분하고 일정 기간 내에 새로운 수익사업용 부동산을 취득하는 경우에는 해당 토지를 비사업용 토지의 범위에서 제외하여 토지 등 양도소득에 대한 법인세가 과세되지 않도록 「법인세법」 제55조의2 제2항을 개정하여야 할 것이다.

연구 및 개발용역을 제공하는 사업은 별도 법인인 산학협력단으로 관리가 이관되어 운영되고 있어 계약 등에 의하여 대가를 받고 연구용역을 제공하는 경우에는 수익사업에 포함되어 법인세가 과세된다. 법인세법상 ‘대가’의 개념이 명확하게 규정되어 있지 않고 포괄적으로 규정되어 있어 연구용역 결과에 대한 대가성 판단은 세무당국의 해석에 달려 있어 분쟁이 발생할 가능성이 크다. 산학협력단의 연구개발수익은 대부분이 인건비, 연구 활동비 등 직접성 경비로 지출되기 때문에 수익은 있으나 각 사업연도의 소득을 구성할 이익은 없다. 이는 영리법인과의 경쟁이 성립될 여지가 없으므로 연구 및 개발업에 대한 수익사업의 범위에서 산학협력단이 제공하는 연구용역은 제외하는 것으로「법인세법 시행령」 제2조 제1항 제2호를 개정하여야 할 것이다. 또한, 산학협력단이 사용하고 있는 학교 건물이나 창업보육센터의 무상임대와 저가로 사용하는 학교의 연구기자재에 대해 「법인세법」 제52조에 따른 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 학교법인에게 과세하는 문제가 발생할 수 있으므로 특수관계인의 범위에서 산학협력단과 학교법인을 제외하도록 「법인세법 시행령」 제87조 제1항을 개정할 필요가 있다.

학교법인의 수익사업에서 발생된 소득에 대해서는 법인세를 부과하지만 고유목적사업준비금 설정을 통해 손금산입을 인정받음으로서 결과적으로 법인세가 과세되지 않는 효과가 있다. 「조세특례제한법」 제74조의 규정에 의거 학교법인이 고유목적사업준비금을 설정하면 5년 이내에 고유목적사업에 사용할 것을 전제로 하여 수익사업에서 발생된 소득에 대해 전액 손비가 인정되어 실질적으로 법인세가 비과세되는 효과와 동일하다고 할 수 있다. 이는 영리법인과 학교법인간의 수익사업에 대한 불공정 경쟁 문제를 야기하며 고유목적사업준비금 설정 후 5년 내에 고유목적사업에 지출하였는지에 대한 사후관리의 문제가 발생한다. 이러한 문제를 해결하기 위해서는 현행 「법인세법」상의 고유목적사업준비금 제도는 폐지하는 것이 타당하다고 할 수 있다.

영리법인과 비영리법인간의 불공정 경쟁 문제를 해결하기 위해 학교법인이 수익사업 활동을 통해 창출된 소득 전액에 대해서 과세를 한다면 교육이라는 공익사업이 위축될 가능성이 있으므로 일본과 같이 수익사업에 의한 소득을 고유목적사업에 지출하는 경우에는 기부금으로 간주하여 기부금 공제를 해주는 간주기부금 제도를 도입하는 것이 타당하다고 할 수 있다. 간주기부금 제도는 수익사업의 과세 소득 계산과 관련된 것으로서 비영리법인의 수익사업에서 고유목적사업으로 금전 등의 자산을 지출하는 것은 내부거래이고 비용성이 있는 지출에는 해당되지 않기 때문에 본래는 수익사업과 관련된 과세소득 계산상 손금에 산입되는 것은 아니지만 이것을 기부금으로 간주해 한도액의 범위 내에서 손금산입을 인정하는 것이다.

고유목적사업준비금 제도를 폐지하고 간주기부금으로 전환하면 영리법인도 법인 자체의 선택에 따라 기부를 하여 비영리법인과 동일한 기부금 공제 혜택을 받을 수 있기 때문에 영리법인은 적용할 수 없는 고유목적사업준비금 제도 보다는 간주기부금 공제 제도가 불공정 경쟁 문제를 완화할 수 있고 사후관리의 측면에서도 고유목적사업준비금은 설정 후 5년이지만 간주기부금은 지출한 당해 연도가 사후관리의 대상이므로 기간 측면에서 5년 보다는 1년이라는 기간이 사후관리의 어려움을 감소시킬 수 있을 것이다.

국민대학교 일반대학원 법학과 법학 전공

이 한 우